中国农业机械化科学研究院呼和浩特分院有限公司前身是机械工业部呼和浩特畜牧机械研究所，成立于1960年。1998年11月整建制并入中国农业机械化科学研究院，1999年转制为中央直属科技型企业。

分院是全国畜牧机械行业技术归口单位，是国家草原畜牧业装备工程技术研究中心、国家地方联合太阳能干燥技术工程实验室、全国风力机械标准化技术委员会、全国农业机械标准化技术委员会畜牧机械分技术委员会、中国农业机械学会畜牧机械学会和机械工业畜牧机械产品质量监督检测中心、风力机械产品质量监督检测中心的挂靠单位。

       分院现有从业人员542人，其中各类专业技术人员150人，专业技术人员中高中级专业技术人员79人，其中研究员15人，获国家特殊津贴专家4人。截止2020年分院共完成科研技术开发项目1056项，拥有专利149项；绝大部分在生产中得到推广应用，其中获国家级、省部级等科技成果奖124项，为国民经济建设和畜牧业机械化做出了突出贡献。进入“十三五”以来，我院共承担国家和地方重点科技项目（课题）49项。

       进入新世纪以来，分院将继续实施“市场导向、创新驱动、产品优质、精益管理”增长型发展战略，把分院建成我国畜牧业装备行业较好的科学技术研究中心、科技创新成果示范与辐射中心、国际合作与技术交流中心、信息服务中心为提高我国畜牧业综合生产能力、保障国家食物安全、建设社会主义新农村、新牧区和实现代化畜牧业做出我们应有的贡献，为我国畜牧业及畜牧机械化的发展再创辉煌。